История Кафедры общей хирургии берет начало с момента создания единой кафедры хирургии в 1996 году, заведующим которой был избран профессор, д.м.н., С. В. Петров, приглашенный на факультет профессором Н. А. Бубновой. Первой клинической базой кафедры стала СПб ГБУЗ «Городская больница № 23», где в последующем было организовано ранее не существовавшее отделение абдоминальной хирургии под руководством сотрудников кафедры.
Большая часть первых сотрудников кафедры являются выходцами из I ЛМИ им. акад.И. П. Павлова, преимущественно — с кафедры общей хирургии, лучшие традиции которой они и стремились заложить в фундамент будущей хирургической кафедры. Среди первых сотрудников стоит вспомнить: профессора Н. А. Бубнову, профессора С. В. Петрова, доцента О. В. Фионик, доцента М. А. Прокофьеву, доцента В. П. Щетинина, доцента А. А. Крылова, ассистентов А. Ю. Семенова и Д. А. Морозова.
В 1999 году сотрудниками кафедры был создан новый учебник по Общей хирургии, пользующийся по сей день большой популярностью у студентов и преподавателей медицины ВУЗов России. В настоящее время имеется 4-е его издание.
С развитием и укрупнением кафедры в состав клинических баз в разные годы были включены такие стационары, как СПб «КБ РАН», СПб ГБУЗ «Клиническая больница № 31», СПб ГБУЗ «ГМПБ № 2», СПб ГБУЗ «Елизаветинская больница», ФГБУ «СПб НИИ СП им. И.И.Джанелидзе».
Дальнейшее развитие факультета привело к необходимости реформирования хирургических кафедр, которое и было осуществлено в 2010 году. В результате из Кафедры хирургии были выделены Кафедра факультетской хирургии и Кафедра общей хирургии.
К настоящему времени основной базой кафедры стала СПб ГБУЗ «Городская больница Святого Великомученика Георгия», где и ранее проводились занятия по хирургическим дисциплинам 2, 3, 4, 5 и 6 курсов, а также летние практики студентов университета.
С 2023 года Кафедра общей хирургии, вошла в состав созданного в СПбГУ Медицинского института, первым директором которого стал А. М. Сарана.
На кафедре в разные годы работали такие известные в России и за рубежом врачи и ученые, как: профессор А. Н. Бубнов (эндокринная хирургия), профессор А. П. Михайлов (абдоминальная хирургия), профессор И. А. Нечай (колопроктология), профессор И. В. Правосудов (онкология), профессор Е. К. Гуманенко (хирургия, травматология, ВПХ), профессор Л. Н. Соломин (травматология), профессор К. М. Крылов (комбустиология), профессор А. И. Горелов (урология), профессор В. М. Черемисин (рентгенология).
В разное время кафедрой заведывали: профессор, д.м.н. Е. К. Гуманенко (2010−2020 гг.), профессор, д.м.н. В. А. Кащенко (2020−2024 гг.). С 2024 года заведующим избран профессор, д.м.н. В. В. Стрижелецкий.